研协生物基因课张旭东【6天大课】转座子分析-百度云网盘资源分享

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转座子分析

准备 (5小节)

《转座子分析》资料下载
图文
1.转座子概述
试看视频110分钟01秒
2.安装EDTA软件
视频25分钟53秒
3.准备参考基因组
视频17分钟00秒
答疑:是否要去除参考基因组中的scaffold
视频02分钟11秒
TE 注释 (8小节)

4.方法一:RepeatMasker + Repbase
视频29分钟06秒
5.方法二:Repeatmodeler+Repeatmasker
视频08分钟44秒
6.方法三:EDTA
视频22分钟48秒
7.优化SINE和LINE注释效果
视频19分钟13秒
答疑:三种方法怎么选
视频00分钟54秒
答疑:Repeatmasker结果中的i和v是什么意思
视频01分钟01秒
答疑:关于EDTA中Repeatmodeler报错
视频04分钟22秒
答疑:DeepTE还是TEsorter
视频02分钟29秒
TE 统计绘图 (5小节)

8.解决未分类LTR过多的问题
视频24分钟42秒
9.TE数量和长度统计
视频41分钟09秒
10.TE的Divergence和Identity
视频15分钟12秒
11.TE的Identity分布图
视频11分钟41秒
12.TE的Kimura分布图
视频17分钟25秒
LTR 分析 (6小节)

13.整理完整LTR的数据
视频16分钟02秒
14.使用TEsorter对LTR进一步分类
视频03分钟29秒
15.LTR插入时间分析
视频08分钟35秒
16.LTR家族树构建
视频31分钟30秒
17.LTR沿染色体分布图
视频37分钟22秒
答疑:soloLTR分析思路
视频08分钟20秒
其他分析 (2小节)

18.TE表达分析
视频47分钟29秒
19.泛基因组的TE分析
视频87分钟08秒
答疑 (2小节)

TIR 相关报错
图文
EDTA2.2.2 更新,来这里下载容器

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